目前，学院设护理系、药学系、影像系、医学技术系、基础部等四系一部，开设护理等19个专业，有省级品牌特色专业2个，省级教学团队1个，省级精品课程2门，省级精品教材3本。建有国家级、省级实训基地2个。先后承担省、市级科研项目50余项，获国家自然科学基金青年科学基金项目资助1项，获江苏省“六大人才高峰”第六批资助项目2项，获省级以上优秀科研成果奖8项，其中2项获江苏省人民政府优秀教学成果奖。
2006年以来，全院教师在全国期刊发表论文931篇，其中在中文核心期刊发表102篇，SCI论文2篇，主编、参编国家规划教材58本。《盐城卫生职业技术学院学报》是面向全国开展教学科研成果交流的平台，每年出刊4期。学院是中国职教学会卫生教育专业委员会主任单位，每年召开1次年会、出会刊《卫生高职教育》4期。
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