半个多世纪以来，学校全体师生医护员工秉承“自信敬业”的校训和“团结奋进、继承创新”的优良校风，在总结五十多年办学积淀的基础上，凝练形成了“仁德、仁术、仁人”的教育理念。2005年，学校凭着鲜明的办学特色、雄厚的办学实力和突出的办学成就，在教育部本科教学工作水平评估中被评为优秀。通过近年来的建设与发展，学校的学科专业结构更趋合理，办学规模适度扩展，办学活力显著增强，综合实力明显提升，并已逐渐成为培养高素质、创新型中医药人才的重要阵地，解决中医药发展重大课题的重要基地，推动中医药成果转化为现实生产力的重要力量和促进中医药国际合作与交流的重要平台。
面向未来，南京中医药大学将进一步继承和发扬办学的优良传统和作风，不断深化体制机制改革，加强内涵建设，提升办学水平，通过办学规模、结构、质量、效益的协调发展，建设“国内一流、国际著名”的研究教学型中医药大学，努力跻身于全国具有特色的重点大学行列。
办学实力学校坐落于钟灵毓秀、虎踞龙蟠的古都南京，拥有汉中门和仙林两个校区。现有各类在校生18000余名，设有基础医学院、第一临床医学院、第二临床医学院、药学院、经贸管理学院、护理学院、外国语学院、信息技术学院、心理学院共9所直属学院，20个本科专业，涉及医、管、理、工、经、文等6个学科门类，初步形成了以中医药为主体、中西医结合、多学科为支撑协调发展的办学格局。
学校现有3个国家级重点学科、14个国家中医药管理局重点学科、8个江苏省重点学科（其中2个列入国家级重点学科培育点）、3个江苏高校优势学科。拥有中医学、中药学、中西医结合3个博士后科研流动站，32个博士点和44个硕士点，博士点覆盖中医、中药、中西医结合所有二级学科，具有博士生导师自审权和主干学科专业的教授评审权。学校现有5个国家级特色专业、6门国家级精品课程、1个国家级教学团队、1个国家级人才培养模式创新实验区、2个国家级实验教学示范中心、25部国家级规划教材（主编）。现已建成19所附属医院、4所中西医结合临床医学院，各类教学及毕业实习基地逾百所。学校积极创新人才培养模式，加快推进校企联合办学，先后与四家企业联办二级学院，进一步提高人才培养质量。
国家特色专业中医学、中药学、护理学、针灸推拿学、中药资源与开发
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