甘南州卫生学校是州内唯一一所国家级重点中等专业学校。1989年甘南州人民政府和甘肃中医学院经过充分协商,经甘肃省教委批准,依托甘南州卫生学校联合开办藏医系，设置了藏医学专业专科教育；2001年经双方共同申请，国家教育部和甘肃省教育厅批准,藏医系升格并扩大为藏医学院，开设藏医学本科教育和藏药学专科教育，2013年经教育部批准增设藏药学四年制本科教育。
目前，甘南卫校与甘肃中医药大学藏医学院、甘肃中医药大学与职业教育学院甘南卫校教学点为三块牌子一套人马。整体办学已初步形成了以藏医药学本科教育为特色，普通中等医学教育为基础，高等教育为补充；研究生、本科、大专中专多层次教育并存，藏医药、西医药并重，普教、、培训协同发展的多元化办学格局。
学校现开设18个专业，其中普通高等藏医学专业本科、藏药学专业专科、藏医学（藏西医临床方向）本科共3个；高等教育有护理专科、本科，西医临床专科、本科，中西医结合专业专科，医学检验专科、藏医学本科7个专业；普通中等教育有农村医学、护理、助产、医学检验、口腔工艺技术、药剂专业共6个。
建校36年来，学校为社会培训各类大、中专毕业生7000余名，在全州卫生专业技术人员中由我校培养的占90%以上，许多人已经成为全州乃至周边藏区医疗、科研、教育、预防保健等机构的骨干。
学校参编和主编中等医学统编教材6种，出版藏医学专科自编教材17种，编写完成面向21世纪藏医学本科教材3种，承担编译面向新世纪课程系列教材3种，与青海医学院联合编写藏药本科教材7种，出版专著5部。近几年来，在国家级、省级刊物发表教研论文200余篇。学校基本实现了“管理上水平，质量上台阶，硬件迈大步”的目标，教学、管理、后勤服务等工作更趋规范化、科学化，办学实力进一步得到了增强。
学校注重理论与实践、教学与临床的有机结合，提高学生的实际操作技能和实践经验，在三十多年的教学实践过程中，先后在省内外、州内外广泛联系，在十几家州内医院建立实习基地，不仅使实习生得到了必要的锻炼、扩大了眼界，积累了一定的实践经验，同时，也宣传和扩大了学校的影响，得到了师生和实习医院的好评。
