云南昭通农业学校创建于1975年，其前身为1975年8月经当时的云南省农林局革命委员会和昭通地区革命委员会批准成立的云南省昭通地区农业大学，校址在当时的昭通县永丰公社绿荫塘。当年秋季招收“社来社去”学生202人，1979年毕业后经省农业厅批准作中专毕业生分配到全区农业、水利、农机等部门工作。1976年经当时的昭通地革委会批准，昭通农业大学由绿荫塘迁至北闸乡箐门317地质队生活区，利用原来的房屋土地，并由地区财政、省农业厅投资新修教学楼、实验楼、简易餐厅、干部培训部。从1978年起，学校实行统一考试、同一招生、同一录取、统一分配。1980年经当时的地区革命委员会决定，昭通地区农业大学更名为“云南省昭通农业学校”。1989年6月16日，昭通行署决定：昭通农业学校、昭通华侨职业学校、中央农业广播学校昭通分校三校合并办学，实行一套班子、三块牌子、统一领导、各司其职“。 学校设校长一人，副校长三人，实行校长负责制。下设办公室、教务科、行政科、广电科、培训科、政教科、保卫科、团委等8个行政科室及农学学科、林学学科、牧医学科、文科学科、理科学科等5个教学研究学科。合并办学后，学校本部迁至朝阳区南大街178号（占地36.5亩），原北闸乡箐门校址作为学生实习基地（占地145.5亩）。1999年，随着国家招生分配制度的改革，学校招收的学生，毕业后不再由国家统一分配工作，实行双向选择，自主择业，同时学校负责推荐就业。
