实行4+4直博或4+5年本博贯通的培养模式，选拔优秀的本科生攻读博士。4+4直博：在第三学年第2学期，专业排名前10%学生可申请4+4直博生，并确定导师及研究生阶段培养方案。直博生和专业排名前10%的本科生优先在第四学年修读研究生课程，为学有余力的本科生提供提前修读研究生课程的机会。4+5本博贯通：即本科阶段为4年制，设立4+5年本博学制（考核合格后可直接转入博士阶段）。
博士阶段可进入生物新材料、生物先进制造、智能科技等与国家重大战略需求相关的博士项目，或仍选择从事重大基础科学研究的博士项目。学校对选择对接国家重大战略需求和基础科学研究的学生给予直升名额的倾斜，并在博士阶段给予国际交流、科研资助等方面的支持。
2.滚动机制
强基计划采用动态调整的滚动机制，一到三年级每年进行阶段性考核，未达到考核要求的同学分流至生科院其它专业，可以接受分流的专业为生物技术（基地班）、生物工程（基地班）和生物技术（生物信息试点班），一年级未分专业之前统一分流至基地班。同时，强基班差额将选拔其他生命学科方向学习优秀且有志于国家重大战略需求专业的同学补足，可补入专业为生物科学（致远荣誉计划）、生物技术（基地班）、生物工程（基地班）、生物技术（生物信息试点班），一年级未分专业前补入专业为基地班和自然科学试验班（分流至生科院学生）。
3.其他激励机制
为了进一步激励入选强基计划的学生进行高水平科研创新实践和国际交流，提升综合素质能力，生命科学技术学院除国家、上海市以及上海交通大学本科生各类奖助学金外，面向强基计划生物科学方向，设立“种子培育计划”，选拔成绩优秀、综合素质突出的优秀学生，提供充足经费支持开展课外科技实践活动，助力在国内外高水平大学生科技竞赛中斩获奖项；设立“院长游学奖学金”，资助优秀学生前往世界知名高校或学术机构开展深度访学、短期交流、以及参加国际科技竞赛等。
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