学院有国家生物学基础理科人才培养基地、国家级生命科学与技术人才培养基地、国家级生命科学实验教学示范中心等多个国家级教学平台，有微生物代谢国家重点实验室、遗传发育与精神神经疾病教育部重点实验室、教育部代谢与发育科学国际合作联合实验室等多个国家与省部级科研平台。在DNA硫修饰、精神疾病遗传发育机制、水稻发育与遗传机制、肠道微生物与人体健康、微生物环境治理、海洋微生物、微生物药物生物合成、合成生物学等研究方向，达到国际先进水平。参与代谢科学、合成生物学、脑科学、精准医学等前沿领域，发起成立了上海合成生物学创新战略联盟、上海交通大学代谢科学研究中心等。
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