学校于1989年9月,经西藏自治区人民政府批准创建, 1989年9月,西藏自治区藏医学校(1983年创办)和西藏大学藏医系(1985年开设)合并成立西藏大学藏医学院;1993年2月原国家教委同意西藏大学藏医学院单独设置,成立药王山藏医学院(一直使用“西藏藏医学院”名称),2001年7月教育部同意药王山藏医学院更名为西藏藏医学院。2016年6月24日,西藏自治区政府和国家中医药管理局签署了共建西藏藏医学院协议。2017年成为西藏自治区“2011”藏医药区域协同创新中心建设单位。2018年新增藏医学博士授予单位和授权点及藏药学硕士授权点;经教育部同意西藏藏医学院更名为西藏藏医药大学。2019年,经教育部认定学校成立“藏医药省部共建协同创新中心”,新设西藏藏医药大学博士后科研流动站。
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